BentoPlatform

Pourquoi Bento est construite ainsi

Objectifs

Les principes qui guident la conception et le développement de Bento.

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Bento s'appuie dès le départ sur les normes, schémas et formats du GA4GH

La plateforme Bento a débuté dans le cadre du projet pilote EpiShare du GA4GH. Bento intègre les normes, schémas et formats du GA4GH au cœur de son fonctionnement, et les étend lorsqu'ils ne suffisent pas. Tout concept ayant une norme GA4GH correspondante doit être implémenté dans Bento en suivant cette norme.

2

Bento sépare les responsabilités en services indépendants

Différentes installations de Bento peuvent faire appel à certains services, mais pas à d'autres. Par exemple, un déploiement de Bento pourrait choisir d'offrir cBioPortal comme moyen additionnel d'interroger les données, alors qu'un autre projet pourrait ne pas en avoir besoin.

  • Chaque type de données possède son propre service de données
    • Katsu conserve les données cliniques et phénotypiques
    • Gohan permet de rechercher rapidement des variants dans des VCF
  • Les API sont également séparées en services
    • Recherche de données via l'API Beacon
    • Ingestion de données via des flux de travail au format WES
  • Tous implémentent le GA4GH Service Registry
  • Tous les services sont mis en œuvre sous forme de conteneurs Docker
    • Un déploiement de Bento est une installation docker-compose déployée sur un serveur
3

Bento est agnostique vis-à-vis des projets

  • La plateforme est déployée pour plusieurs projets, prenant en charge plusieurs organismes
  • Objectif : développer les choses une seule fois pour tous les projets pris en charge et éviter de maintenir plusieurs versions dérivées pour différents portails
  • Adapter les (méta)données d'un projet aux normes couramment utilisées, augmentant la compatibilité et la découvrabilité avec les jeux de données d'autres initiatives en génomique
  • La personnalisation d'une instance se fait par des paramètres, fichiers de configuration, images, etc.
4

Bento offre des outils pour faciliter le déploiement

  • Le déploiement d'une instance de Bento ne nécessite pas de connaissances avancées de la pile technologique
  • Des outils en ligne de commande suffisent pour lancer une nouvelle instance